员工迟到扣工资是否违法需视情况。依据《劳动法》，扣工资需符合公司章程且不超过法定限度，否则违法。严重违规扣薪可能导致员工权益受损，引发劳动纠纷。
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员工迟到扣工资需合规。操作如下：1. 明确公司章程中扣工资规定；2. 确保扣罚不超法定限度；3. 频繁迟到需先警告，再考虑扣罚或解雇；4. 扣工资需书面通知员工，并说明理由。
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处理员工迟到扣工资，常见方式有按章扣罚、警告或解雇。选择时应考虑迟到频率、原因及公司规定，确保合法合规，避免侵犯员工权益。