材料款是否纳入工程款，需依据合同承包方式确定。依据《合同法》等相关法律，若合同为清包工，则工程款不含材料款；若为包工包料，则工程款包含材料款。不及时明确可能导致结算纠纷，影响工程进度和双方权益。
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材料款与工程款关系需明确。操作如下：首先查阅合同，确认承包方式；若合同未明确，与对方协商并签订补充协议；如遇纠纷，可依据《合同法》等法律维权，确保双方权益。
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处理材料款与工程款关系，常见方式有查阅合同明确条款或协商补充协议。若合同未明确，应尽快与对方沟通，根据实际承包方式签订补充协议，以避免后续纠纷。